Lors de sa prise de poste, puis en cours de carrière lors de chaque changement d'employeur (par mutation, détachement, ...), l'agent doit également passer un examen médical d'aptitude, auprès du médecin du travail. Cet examen est destiné à vérifier la compatibilité de l'état de santé de l'agent avec les conditions de travail liées au poste auquel il est affecté. Le médecin du travail peut prescrire les examens complémentaires nécessaires :
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à la détermination de l'aptitude de l'agent au poste de travail et notamment au dépistage des affections comportant une contre-indication à ce poste de travail ;
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au dépistage d'une maladie professionnelle susceptible de résulter de l'activité professionnelle de l'agent ;
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au dépistage des affections susceptibles d'exposer l'entourage de l'agent à des risques de contagion.
Le médecin du travail procède ou fait procéder aux vaccinations obligatoires. L'agent peut les faire pratiquer par le médecin de son choix. Il doit alors fournir un certificat détaillé. En cas de risques particuliers de contagion, le médecin du travail peut pratiquer les vaccinations recommandées.
L'agent bénéficie d'un examen médical par le médecin du travail tous les 2 ans. Si le médecin du travail le juge utile, des examens médicaux, ou des entretiens infirmiers, peuvent être réalisés plus fréquemment.
Ces visites médicales ont lieu sur le temps de travail. Des autorisations d'absences sont données par l'administration pour permettre à l'agent de s'y rendre.
Une surveillance médicale particulière est mise en place à l'égard :
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des agents handicapés ;
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des femmes enceintes ;
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des agents travaillant de nuit ;
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des agents réintégrés après un congé de longue maladie ou de longue durée ;
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des agents occupant des postes exposés à des risques particuliers pour leur santé ou leur sécurité ;
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des agents souffrant de pathologies particulières.
Le médecin du travail définit la fréquence et la nature des visites médicales que comporte cette surveillance médicale renforcée.
Lorsque l'état de santé des agents le justifie, le médecin du travail peut proposer des aménagements de poste de travail ou de conditions d'exercice des fonctions. Il peut également proposer des aménagements temporaires de poste de travail ou de conditions d'exercice des fonctions au bénéfice des femmes enceintes. Lorsque ces propositions ne sont pas acceptées par l'administration, celle-ci doit motiver son refus et le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail (CHSCT) doit en être informé.